我国环境恶化程度加深有一个突出表现是各行政区域之间跨界污染纠纷增加，特别是流域跨界水污染纠纷。同一流域的不同行政区域的利益往往不同。下游地区需要足够的、清洁的水作为发展的必要条件，上游地区则可能利用在地理上的天然优势充分利用甚至过度利用水资源，向水体排放污染物。近年，跨界的水污染冲突加剧。仅仅是流域跨省污染纠纷就不在少数。如，2001年江浙交界水污染引发的筑坝事件，2003年山东薛新河污染导致江苏徐州市停水，2004年河南安徽污水下泄导致淮河污染的爆发，2005年松花江重大跨界水污染事故，浙江庆元和福建松溪之间的水污染纠纷，河北承德、张家口和天津之间的水污染纠纷，海河流域漳卫南运河地区污染纠纷，2013年山西长治苯胺泄露事故导致河北邯郸市污染的纠纷，2011年和2013年发生广西贺江污染广东用水的纠纷，等等。省级以下行政区域因跨界污染导致的纠纷也是层出不穷。对这类问题解决不好，不仅影响生产，还影响群众生活尤其是身体健康，引发上下游之间的矛盾，影响社会稳定。