本书对近10年来本草基因组学研究进行了细致的梳理和总结，并对未来的研究思路和方向进行了思考和探讨：本书第一章至第八章为基础篇，第九章至第十五章为应用篇。基础篇包括概述、结构基因组学、转录组学、功能基因组学、蛋白质组学、代谢组学、表观基因组学和宏基因组学等，论述了本草基因组学的核心研究内容。应用篇包括药用模式生物、中药合成生物学、基因组辅助育种、DNA鉴定、中药体内代谢基因组研究、关键实验技术和生物信息学及数据库等内容,重点论述本草基因组学的主要应用，介绍本草基因组研究的关键实验技术、生物信息学方法及可査询的相关数控库。