随着2003年太湖水华事件、2005年松花江污染事件等重大环境事件的发生，国家环境管理和社会民众对水生态环境的关注也在逐渐提升，如何监测与评价水生态环境质量也就成为了一个亟待解决的重大问题。国家863计划、”水体污染控制与质量科技重大专项”在”十一五””十二五”期间安排了不少相关的研究工作，2011年，环保部开展松花江流域水生生物试点监测工作，也是对流域水环境质量监测评价的的一次重要尝试。为了满足国内日益增长的流域水生态环境监测与评价方面的技术需求，在这些重要的技术成果基础上，中国环境监测总站于2014年6月印发了《流域水生态环境监测与评价技术指南（试行）》，在全国各大流域示范推广。同时组织相关科学技术研究单位共同编写了《流域水生态环境质量监测与评价技术指南》（以下简称”指南”）和《流域水生态环境质量监测与评价案例研究》（以下简称”案例”）。